微生物室为临床提供感染性疾病诊断的病原学依据，为医院感染流行病学调查提供依据，为感染性疾病治疗提供用药依据，细菌耐药性监测需要，为合理使用抗菌药物提供依据。

我所严格遵照实验室布局要求，将微生物室设置为符合GMP洁净标准要求的四区实验室。配备有240D法国梅里埃全自动血培养仪、VITEK 2 COMPACT法国梅里埃全自动微生物鉴定及药敏分析系统、奥林巴斯BX43生物显微镜、BSC-1300ⅡB2生物安全柜、隔水式恒温培养箱和CO₂恒温培养箱等实验室需要的各种设备，满足临床所需要的各种微生物检测。

目前已开展的常规检测项目：一般细菌培养和药敏试验，支原体、衣原体的培养及药敏，血液普通培养、真菌培养、厌氧培养，革兰染色、涂片找真菌、细菌鉴定及药敏分析、耐药菌检测、院感检测。

临床医学部是按照国家《医学检验实验室基本标准》、ISO15189认可，CAP认可等标准要求建立，实验室共计1100余平米，设有：流式细胞室、生化室、免疫室、微生物室、基础检测室、HIV初筛室和特检室七大专业实验室。
　　可开展检测项目：血细胞五分类、尿常规、血流变、血凝、肿瘤疾病、内分泌疾病、免疫功能、过敏原、感染性疾病、骨和关节疾病、肝胆疾病、优生优育、微量元素、心血管疾病、电解质、肾功能、微生物、药物浓度检测、HIV初筛等十几系列850余项检测。