分子科研服务项目
图文展示

     一代测序服务(Sanger测序)


Sanger测序是20世纪70年代由FredSanger及其同事首先发明的,故称为Sanger测序。相对于第二代测序,现在也习惯上称之为第一代测序,就目前而言,Sanger测序由于操作简便,价格低廉,仍然得到广泛应用。西安九州医检坚持客户至上,质量为先的原则,在保证测序质量的前提下,努力改善工艺流程,缩短检测周期,对菌(菌液、穿刺菌、平板菌)、质粒、PCR产物(原液、已纯化)等不同类型的样品进行测序。


               SNP分型检测


SNP, SingleNucleotide Polymorphisms,是指在基因序列上单个核苷酸的变异,包括置换、颠换、缺

失和插入,形成的遗传标记数量很多,多态性丰富。SNPCG位点上出现的频率最高,多是C转换为T,原因是CG位点中的C经常甲基化,自发地脱氨基后成为T。一般而言,SNP是指变异频率大于1%的单核苷酸变异。SNP研究是人类基因组计划从科学研究走向应用的重要策略步骤。大量存在的SNP位点,使人们有机会发现与各种疾病,包括肿瘤及其他性状相关的基因位点突变。因此,SNP成为重要的遗传标志,人体许多表型差异、对药物或疾病的易感性,以及动植物的性状等等都可能与SNP有关。

iPLEX Gold是世界领先的SNP分型技术。MassARRAY系统被广泛地应用于精细图谱&全基因组范围

内的GWAS关联研究,以及常规的SNP遗传分析。MassARRAY SNP分型技术结合了准确的引物延伸、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)的优点,能够快速、经济、高重现性地进行SNP的分型验证。iPLEX Gold常规设计分析能够在一个反应孔中实现多达25-30重反应,使得实验设计非常灵活,同时也是非常经济的。

 

     高通量测序


IonTorrent是最新推出的测序技术,它的核心技术是使用IS-FET半导体技术将生化反

应与电流强度直接联系。在聚合酶反应,每聚合一个碱基,释放出氢离子,H离子的释放引起周围环境的PH变化,PH变化能够被IS-FET场效应管感应引起电流的变化,最终记录电流信号,读出AGCT的测序序列。Ion Torrent硬件设备无需激光等光学检测和CCD扫描系统,并且使用天然核苷酸和聚合酶、无需焦磷酸酶化学级联、无需标记荧光染料和化学发光的配套试剂,因此测序时间非常短、测序成本成本低,其应用范围涵盖已有高通量测序技术的应用领域,如基因组DNA测定(微生物基因组测序、线粒体测序、靶向测序)、microRNA测序、宏基因组测序、转录组测序等。

1、  宏基因组学测序

宏基因组即生境中全部微小生物遗传物质的总和。它以环境样品中的微生物群体基因组

为研究对象, 以功能基因筛选和测序分析为研究手段, 以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的。宏基因组学技术第一次使人类得以研究占环境中99%的不可培养的微生物种群,从而成为微生物研究的最前沿领域。对环境样本进行DNA提取后进行区域选择性扩增(如细菌16S V1-V9相应区域),再对扩增产物进行建库、测序,然后对所得的数据进行生物信息学分析。生物信息分析主要包括OTU的生成、取样充足性分析、丰度和多样性分析、菌群间差异分析、假设验证分析、进化树分析等。

2、  转录组测序

RNA-Seq,是基于新一代测序技术的转录组学研究方法:首先提取生物样品的全部转录

RNA并进行mRNA富集,然后反转录为cDNA后进行的新一代高通量测序,在此基础上进行片段的拼接组装,从而可得到一个个的转录本,进而可以形成对该生物样品当前发育状态的基因表达状况的全局了解。不同阶段或部位的生物样品的RNA-Seq转录组进行比较分析,则可以在转录层面得到基因表达水平的变化,针对关键基因则可以进行代谢通路(Pathway)的构建。

3、  全外显子组测序

即通过针对某一基因组中的外显子进行测序来研究罕见遗传性疾病的研究方法:首先通

过在外显子区域设计了近30万对引物并进行PCR扩增,扩增得到外显子序列,再利用核酸外切酶消化扩增引物,得到的平末端产物与Proton 接头连接,AmpureXP磁珠纯化后即可得到测序文库,该文库通过qPCR定量后利用IonProton平台测序来实现人类全外显子测序。

4、  RNA测序

SmallRNA是生命活动重要的调控因子,几乎存在于所有的生物体中,包括:microRNA

ncRNAsiRNAsnoRNApiRNArasiRNA等。第二代高通量测序技术,可以在没有生物体基因组参考序列信息的前提下,快速全面检测小分子RNA,具体而言,通过RNA样品提取纯化、PAGE凝胶电泳分离出目标大小RNAcDNA文库建立、高通量测序和数据分析等步骤一次性获得数百万条小分子RNA序列,用于新的小分子RNA发现,或小分子RNA表达谱研究。

5、  小基因组测序

随着细菌基因组研究的迅速发展,全基因组测序已逐步成为微生物基础研究的重要手段

之一。截至201011月,全世界已发布了1748个细菌基因组、61个真菌基因组和103个古细菌基因组序列。新一代高通量测序技术大大减少了基因组测序的成本和时间,让更多实验室可以开展微生物基因组测序项目。根据不同的研究目的和测序要求,细菌基因组测序可分细菌基因组框架图、细菌基因组精细图和细菌基因组完成图。